Oprogramowanie
Meizu M3 działa na systemie Android 5.1 Lollipop, dostosowanym za pomocą Flyme 5.1. Podczas gdy Flyme OS ulepsza interfejs użytkownika o dodatkowe funkcje i charakterystyczny wygląd w porównaniu do standardowego Androida, oznacza to również, że aktualizacje zależą od harmonogramu Meizu, a urządzenie mogło nie otrzymać aktualizacji poza wersją startową. Oprogramowanie łączy w sobie funkcje Androida z dodatkowymi dostosowaniami unikalnymi dla Flyme.